Les 3 protagonistes le patient, le prescripteur, la maladie.
Aide pour établir un diagnostic : positif/ différentiel.
Aide au choix des antibiotiques. : probabilité, orienté ou modifié.
Recherche du portage, de la persistance de la bactérie [7].
Le nom, la profession, l’âge et l’origine sont importants.
Ces trois derniers renseignements sont utiles à la qualité de l'analyse et à la validation des résultats.
Demande d'un examen bactériologique de...
Diagnostic d'une infection [10] x
Suivi de traitement, contrôle après traitement.
Recherche de la bactérie : elle est nommément désignée.
Précision de la nature des symptômes pathologiques
localisation [11] des lésions infectieuses
Date d'apparition
Etat physiologique [12] du patient
Existence d'affections associées
Séjour en pays d'endémie
Evoquer le risque d'infection ou de colonisation (ex : brucellose, tuberculose, shigela).
Traitement éventuel pouvant interférer avec l'examen prescrit (ex : ab, anticoagulants...)
Le degré d'urgence.
Il s'agit d'un acte clé puisque de sa qualité va dépendre celle du diagnostic.
Le prélèvement est un acte médical : les personnes qui prélèvent mais qui ne seraient pas du corps médical doivent se munir d'une habilitation.
Le prélèvement doit être précoce, et réalisé avant l'administration d'antibiotique [13]. Le volume de prélèvement doit être suffisant.
Exception : les méningites à méningocoques accompagnée ±de purpura [14] fulminans doivent faire l'objet d'une administration d'antibiotique [15] à domicile.
1) Avec un écouvillon stérile pour : les téguments, les muqueuses.
2) Ponction :
D'un liquide au niveau d'une séreuse. D'un hématome [16] De la suppuration [17] d'un organe D'un abcès [18] non fîstulisé
Ex : lombaire [19], pleural, articulaire [20], abdominal(ascite [21]).
3)Sang pour hémoculture
4) biopsie [22] : superficielle (pratiquée par tout médecin) ou profonde (chirurgicale).
5) Grattage.
6) Prélèvement des interventions chirurgicales.
7) cathétérisme [23].
8) Utilisation d'une sonde (ex : urinaire [24]).
9) Sécrétions naturelle : urines, sécrétions bronchiques
Ne pas infecter le patient.
Ne pas contaminer le prélèvement : pour cela, on peut utiliser un cathéter [25] et une brosse qui récolte les sécrétions bronchiques, et que l'on garde à l'abri de la flore buccale et pharyngée.
Il se fait dans un récipient approprié : flacon ou tube stérile + lame destinée à une coloration.
Il faut un milieu de transport approprié.
Il faut identifier : le nom, la date, l'heure (ces trois premiers éléments sont liés à la traçabilité ), la nature du prélèvement, le site du prélèvement, et l'identité du préleveur.
On doit redouter la dessiccation et le froid.
L'acheminement doit être fait en moins de 30 min, ou mieux directement au laboratoire (dans tous les cas, moins de 2 heures).
Les milieux de transport permettent une meilleure conservation, et d'allonger ce délai, (il peut en exister des spécifiques à la recherche effectuée).
On examine à l'œil nu des crachats purulents, diarrhées, LCR [26] troubles, urines
troubles...
Ce type de diagnostic est assez limité, puisqu'il ne permet souvent que de suspecter une infection bactérienne.
Il donne des renseignements sur la forme, la mobilité.
Réalisable sur de nombreux prélèvements, elle permet la mise en évidence des cellules, mais ne permet pas d'examen cytologique fin (il faut des colorations spéciales).
Dans certaines situations, seul cet examen est réalisable, car la bactérie ne peut être
mise en culture.
Ex : le Tréponème pâle (Microscope à fond noir, à l’état frais).
Le bacille [28] de la Lèpre : mycobactérie [29] plus ou moins reconnue après coloration de Ziehl (AAR) angine [30] de vincent : association de bactéries dites fuso-spirillaires (bactéries fusiformes + spirales).
Les bactéries avec capsule polysaccharidique relarguent des antigènes. On peut retrouver ces Antigènes :
Dans le LCR :méningocoques, pneumocoques, Haemophilus Influenzae.
Dans le sang :idem.
Les urines : legionella +++
D'où l'intérêt de préciser la bactérie à rechercher, puisqu'il existe des milieux adaptés à chaque type de bactérie.
Ces milieux peuvent être :solide, liquide, sélectifs, d'enrichissement, spéciaux.
Certaines bactéries sont systématiquement recherchées sur tous les prélèvements.
On obtient des colonies.
L'identification se fait par mise en évidence de : Propriétés biochimiques. Antigènes.
Produits sécrétés (toxines...) Sensibilité aux bactériophages ( = lysotypie). Marqueurs moléculaires.
On aboutit ainsi à l'identification de la bactérie, ce qui conduit parfois au diagnostic (ex : brucella et brucellose ; ceci est moins évident dans le cas d'autres bactéries).
Délai habituel : 48 h.
On peut donner une suspicion en 24 heures (en fait, à valeur de résultat) ; parfois même dès l'examen microscopique.
Si la culture est lente et qu'il faut un enrichissement du milieux de culture, le délai peut être de 3 à 4 jours
Ex : bacille [31] tuberculeux [32] (10 j), colibacille [33] d'une infection urinaire(24h).
1) Selon la souche.
2) Selon la localisation de l'infection.
En effet [35], selon les contextes cliniques, on aura [36] un choix d'antibiotiques à tester.
3) But : on recherche une sensibilité, des résistances éventuelles.
M /S"
Détermination de la CMI d'un AB sur la souche bactérienne.
Ex : pneumocoque qui provoque une méningite [37] ; on recommande de déterminer la CMI des AB utilisés dans le traitement pour s 'assurer de la réelle sensibilité de la souche.
Principe
recherche de la réponse [38] de l'organisme à l'infection.
recherche d'anticorps [39] par test sérologique [40].
Tenir compte du délai d'apparition des anticorps. Tenir compte de la cinétique [41] d'évolution des anticorps.
Il faut le sérum [42] le plus précoce possible ; les anticorps peuvent ne pas être présents. D'où la nécessité d'un deuxième sérum plus tardif : on cherche l'apparition de nouveaux anticorps, l'augmentation des Anticorps dans le sérum, si cette augmentation est significative...
Autres méthodes
Le diagnostic in situ [43].
1) Anticorps fluorescents.
2) HIS avec sondes marquées : + amplification.
Ex : bacille tuberculeux (méthode plus rapide que les 10 j en milieu liquide).
3) Amplification génique.
Ex : recherche de Clamydia au niveau d'un prélèvement urétral.
avec antibiotique et sérum du patient.
Au niveau du pic de la première prise : on test l'activité de l'AB.
Au niveau de la vallée (avant le pic de la prise suivante) : on apprécie la concentration [45] Résiduelle, et la toxicité [46] de l’antibiotique si cette concentration est élevée.