Les infections respiratoires

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Les infections respiratoires sont très fréquentes: on dénombre 2 millions de cas par an aux USA. Les agents étiologiques les plus fréquents sont par ordre décroissant: les virus essentiellement, les bactéries et les champigons.

L'expectoration est due à une hypersécrétion bronchique qui est rejetée à l'extérieur par le mécanisme réflexe de la toux.

Les voies respiratoires post-pharyngiennes sont normalement stériles ; l'implantation et la multiplication de certains microorganismes dans ces voies basses réalisent une infection bactérienne qui, selon sa localisation, les signes cliniques et radiologiques, porte différents noms

Classification

Les infections bronchiques

aigues

Elles sont virale le plus souvent, bactérienne exceptionnellement ; ilsagit de la coqueluche due à Bordetella pertussis.

chroniques

Elles sontfavorisées par . des lésions anatomiques, des facteurs externes comme le tabac ou la pollution atmosphérique, se manifestent notamment sous la forme de bronchites à répétition.

Elles sont dues au Streptococcus pneumoniae ou Pneumocoque, Haemophilus influenzae, Branhamella catarrhalis (Neisseria, Moraxella).

Les infections pulmonaires

Primaires

dues à des bactéries très pathogènes introduites par inhalation comme: le Pneumocoque, Legionella , Mycoplasma pneumoniae et les Chlamydiae qui donnent toutes trois des pneumopathie atypiques.

Secondaires

Elles sont favorisées par une obstruction sur l'arbre bronchique (cancer, respirateur) ; les bactéries opportunistes,comme le bacille pyocyanique (Pseudomonas aeruginosa) sont très fréquentes en milieu hospitalier et responsables de pneumopathies nosocomiales.

Elles peuvent être d'origine hématogène comme pour le staphylocoque doré (Staphylococcus aureus).

La tuberculose

Primo-infection avec : asthénie, anorexie, fébricule.
Avec caverne(s) par nécrose et ramollissement du caséum.
Atteinte pleurale.
Atteinte miliaire avec semis sur les deux champs pulmonaires.
Autres localisations secondaires

Les prélèvements

II faut savoir qu'en ce qui concerne le prélèvement, il existe deux types de bactéries :

certaines bactéries pathogènes peuvent se trouver à l'état commensale , par exemple dans l'oropharynx ; donc le fait de les trouver dans un prélèvement ne signe pas forcément l'infection: tout dépend de la quantité.
d'autres bactéries sont strictement pathogènes: leur présence signe l'infection comme la Legionella (pneumophila +++) ou le Mycobacterium tuberculosis.

Conditions de prélèvement

Le prélèvement doit être fait chez un patient n'étant pas sous antibiotique. Leprélèvment peut être réalisé de deux manières :

par recueil des produits de l'expectoration (réalisé de préférence le matin à jeun , en évitant la salive).
par recueil des sécrétions obtenues par fibroscopie, simple , avec brossage bronchique ou lavage bronchoalvéolaire.

Il doit être acheminé rapidement au laboratoire ou bien il peut être conservé à 4°C pendant une période n'excédant pas 4 heures.

L'examen microscopique permettra d'effectuer une analyse qualitative et quantitative de la flore .

S'il s'agit d'une pneumopathie grave, on peut réaliser aussi: une hémoculture, un examen du liquide pleural, une sérologie, une pneumoculture.

Technique de prélèvement

Non invasives

Etude de l'expectoration

Elle permet le diagnostic de moins de 50% des pneumopathie. Elle est réalisé le matin à jeun après rinçage buccal soigneux à l'eau physiologique.

Il est possible d'induire l'expectoration à l'aide,soit d'un aérosol d'eau chaude avec du NaCl et du Glycérol, soit d'une manoeuvre de kinésithérapie.

Dans le cadre de véritables pneumopathies, on peut comptabiliser jusqu'à 50% de faux négatifs, d'où l'intérêt de réaliser une hémoculture.

Prélèvement nasopharyngé

Pour rechercher Bordetella pertussis ou bien Haemophilus influenzae dans le cadre d'une épiglottite aiguë.

Invasives

Fibro scopie

Elle permet d'apprécier l'état de l'appareil respiratoire. Réalisée par voie orale ou nasale, elle peut être améliorée par le passage d'un cathéter muni d'une brosse à son extrémité: la brosse est dirigée vers les endroits purulents, puis trempée dans 1 ml de sérum physiologique; on effectue ensuite une numération des colonies.

Pour un brossage : infection seulement si le nombre de bactéries est supérieur à 10³ bactéries/ml.

Lavage bronchoalvéolaire

A la recherche de:

Mycoplasma
Legionella
certains virus et parasites

Avantage: on a des cellules intactes.

Inconvénient: la numération est aléatoire , d'où un seuil de pathogénicité plus élevé : Pour un L.B.A. : infection seulement si le nombre de bactéries.est supérieur à 10⁵ bactéries/ml (sauf pour les bactéries pathogènes d'emblée).

Tubage gastrique

On le réalise le matin à jeun pour récupérer l'expectoration digérée qui est encore dans l'estomac.

On recherche Mycobacterium tuberculosis .

On effectue trois prélèvements trois jours de suite car l'élimination du BK est discontinue.

Techniques sanglantes

Ponction transtrachéale.
Ponction transpariétale.
biopsie pulmonaire

cathéter à travers une trachéotomie

Vu le nombre important de bactéries même en l'absence d'infection, il faudra se baser sur les signes cliniques pour l'interprétation des résultats.

Examen direct

Macroscopie

On examine :

l'aspect du prélèvement : muqueux, muco-purulent, purulent, hémoptoïque ...
la consistance : visqueux, épais ...
l'odeur éventuelle : foetide.

Microscopie

Le frottis

On réalise un frottis à partir du prélèvement (expectoration) et un gram.

Puis, grâce au microscope, deux étapes.

on dénombre, par champ de microscope (et cela, sur 10 champs différents successivement) les cellules épithéliales et les polynucléaires afin de placer le "crachat" dans la classe qui lui correspond. La lecture s'effectue au grossissement 10. Les classes 1 et 2 correspondent à un nombre de cellules épithéliales supérieur à et un nombre de ppolynucléaires inférieur à 25 salive pas d'ensemencement. Les classe 3 à 4 correspondent à un nombre de polynucléaires supérieur à 25 purulent à ensemencer.

.on regarde ensuite les cellules et les bactéries. en présence (morphologie, mode de groupement) afin d'identifier le type de bactérie présente.

Par exemple Bordetella pertussis :

IF Directe par des AC monoclonaux après étalement sur lame
Sérologie

II faut savoir que:

l'expectoration est fluidifiée grâce à la N acétyl cystéine.
certains prélèvements comme ceux réalisés par aspiration bronchique, avec lavage ou brossage, sont centrifugés s'ils sont trop dilués.

L'ensemencement et la culture

II existe différents milieux permettant le développement de telle ou telle bactérie :

Pour Haemophilus influenzae, Gélose chocolat enrichie en facteurs X et V (lire x et v).

Pour Streptocoques, gélose au sang.

Pour bacille pyocyanique, Cétrimide.

Pour Staphilocoque doré, Chapman.

Pour Legionella, milieu au charbon

Pour bactérie anaérobie, milieu anaérobie

La culture permet une étude quantitative de la flore à partir de l'expectoration : on attribue un rôle pathogène à une espèce bactérienne si cette espèce donne plus de 10⁷ bactéries/ml de crachats.

On s'aide de techniques immunologiques et biochimiques pour l'identification des espèces.

Par exemple : la culture ne permet d'identifier que 10% des cas de Legionella , d'où l'importance des srologies (plus fiable).

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